Прошло три десятилетия с момента последней глобальной войны. Токио, стертый с лица земли ядерными ударами, возродился под именем Нью-Токио. За фасадом порядка и восстановления скрывается иная реальность. Государственный аппарат, напоминающий режимы прошлого века, беспощадно давит любое инакомыслие. Малейший намек на неповиновение встречает жестокий ответ.
В секретных лабораториях идут другие войны — тихие, но не менее страшные. Ученые, подчиняясь приказам, исследуют границы человеческой психики. Цель — создать оружие, превосходящее все известное. Этими работами руководит полковник Сикисима. Его амбиции и методы постепенно приводят к расколу с верховной властью. Конфликт зреет в коридорах силы.
Тем временем в обществе, измученном страхом и контролем, рождается странная вера. Распространяются слухи о существе невероятной силы — Акире. Многие начинают верить, что только его появление способно изменить судьбу страны, положить конец страданиям. Этот культ набирает силу в тени небоскребов нового города.